Z inicjatywy Antoniego Komorowskiego powstała grupa założycielska Związku Sybiraków w Gdańsku. W skład grupy założycielskiej weszli Antoni Komorowski, Jan Ślizień, Józef Kucharski, Krystyna Rzewuska, Stefan Angielski, Teresa Pawłowska, J. Miglin.
I Walne Zgromadzenie odbyło się 28 stycznia 1989 roku. Na prezesa zarządu Oddziału został wybrany Jan Ślizień. Siedziba Zarządu mieściła się w Sopocie. Pierwotna liczba członków wynosiła 979 osób, zorganizowano 9 kół terenowych.
II Walne Zgromadzenie odbyło się 25 stycznia 1992 roku. Ze stanowiska prezesa zrezygnował Jan Ślizień. W wyniku przeprowadzonych wyborów na prezesa został wybrany Stefan Angielski.
W okresie między Zgromadzeniami liczba członków wzrosła do 1500, działało 13 kół terenowych.
III Walne Zgromadzenie Delegatów Oddziału odbyło się 30 maja 1996 roku. Na prezesa zarządu Oddziału wybrano ponownie Stefana Angielskiego. Zmniejszyła się liczba kół do 11, ale wzrosła liczba członków do 2052.
Pierwszym symbolem łączącym Sybiraków był sztandar Koła w Gdyni poświęcony 16 kwietnia 1990 roku, ufundowany przez rodzinę Stanisława Świderskiego.
10 lutego 1991 roku w 51. rocznicę pierwszej masowej wywózki, w bazylice Mariackiej w Gdańsku ksiądz prałat Stanisław Bogdanowicz poświęcił sztandar Koła Gdańsk-Śródmieście. Sztandar ufundował Morski Port Handlowy, drzewce sztandaru wykonała Stocznia Remontowa imienia Józefa Piłsudskiego.
17 września 1992 roku w Dniu Sybiraka odbyła się uroczystość, w czasie której arcybiskup ksiądz Tadeusz Gocłowski poświęcił sztandar Koła Gdańsk-Wrzeszcz, zakupiony dzięki pomocy Centrostalu i Polmozbytu oraz składek członków koła. Na wniosek Sybiraków Rada Miasta Gdańska nowo powstałej ulicy w Brzeźnie nadała nazwę „Sybiraków”.
W kwietniu i wrześniu 1994 roku poświęcono sztandary Kół w Gdańsku Przymorzu i Gdańsku Oliwie.
11 listopada w Pruszczu Gdańskim odbyła się uroczystość odsłonięcia i poświęcenia tablicy pamiątkowej „Ofiarom więzień, łagrów, zsyłek i wszelkich miejsc kaźni Polaków na nieludzkiej ziemi”. Mszę św. w kościele Podwyższenia Krzyża Świętego koncelebrował ksiądz Stanisław Lada. Fundatorem tablicy jest Jarosław Prolejko.
W tym samym roku na wniosek zarządu Koła Rada Miasta podjęła uchwałę o nadaniu nowo powstałej ulicy w Pruszczu nazwy „ Sybiraków „.
10 października 1995 roku w Tczewie odbyła się uroczystość poświęcenia sztandaru i pamiątkowej tablicy wmurowanej w kościele Świętego Krzyża. Szczególnie uroczyście przebiegało poświęcenie sztandaru Koła w Pruszczu. W testamencie odczytanym podczas uroczystości sybiracy wyrazili wolę, by po śmierci ostatniego z członków koła sztandar został przekazany Archidiecezjalnemu Muzeum w Gdańsku-Oliwie.
W dniu święta Matki Bożej Królowej Polski i rocznicy uchwalenia Konstytucji 3 maja zarząd Oddziału w imieniu członków przekazał sygnaturkę dla kościoła pod wezwaniem Matki Bożej Saletyńskiej w Gdańsku-Sobieszewie.
W bazylice Mariackiej w Gdańsku wmurowano tablicę pamiątkową, której odsłonięcie odbyło się 13 kwietnia 1997 roku podczas uroczystej mszy świętej za ojczyznę koncelebrowanej przez metropolitę gdańskiego arcybiskupa Tadeusza Gocłowskiego i kapelana Związku Sybiraków księdza Edmunda Cisaka. Tablicę bezinteresownie wykonała Stocznia Remontowa imienia Józefa Piłsudskiego w Gdańsku.
18 stycznia 1998 roku proboszcz parafii Świętego Jerzego w Sopocie poświęcił sztandar sopockich sybiraków ufundowany przez Środowisko Borowiczan. W uroczystości uczestniczyły władze miasta, przedstawiciele środowisk kombatanckich, kompania reprezentacyjna Marynarki Wojennej, poczty sztandarowe i licznie przybyli sybiracy.
Gdyńskie Koło Sybiraków współpracując z Radą Miasta, Kołami Związku Więźniów Politycznych i Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej przyczyniło się w niemałym stopniu do wzniesienia Pomnika Ofiar Terroru Komunistycznego z lat 1939-89. Pomnik został odsłonięty i poświęcony 8 lutego 1998 roku.
Wśród gdańskich sybiraków żyje dziś wiele osób, które spędziły część ponurego dzieciństwa nie tylko na wygnaniu, ale pozbawione rodziców trafiły do domu dziecka w Bucharze. Dzisiaj, będąc ludźmi dorosłymi stworzyły „Krąg Bucharczyków”, wydają biuletyn „Sybiracy – Krąg Bucharczyków”, nadal poszukują rozsianych po całym świecie kolegów z ochronki i sierocińca w Bucharze. W planach mają współudział w budowie symbolicznego Grobu Sybiraków.
W Norylsku, za kołem polarnym, powstał pomnik-monument poświęcony pamięci Polaków, więźniów tego łagru. Pracowali w okolicznych kopalniach i tan zakończyli życie. Pomnik, projektu Stanisława Gierady stanął na górze Szmidta, wszystkie koszty związane z budową poniósł Jerzy Bijak, mieszkaniec Gdańska urodzony na Kresach, zaprzyjaźniony z wieloma Sybirakami. Jerzy Bijak postanowił zbudować pomnik, gdy będąc na wycieczce zobaczył miejsce gdzie niegdyś mieścił się łagier i gdzie w pobliżu znajduje się skromny pomniczek wzniesiony przez „ Memoriał”. Wielu gdańskich Sybiraków pracowało w tym łagrze i całym sercem włączyli się do prac związanych z budową pomnika. Poświęcenie pomnika odbyło i w lipca 1996 roku. W uroczystości uczestniczyła delegacja z Gdańska z prezesem Stefanem Angielskim. Dużą pomoc organizacyjną okazał ksiądz Pawlus.
W lipcu 1990 roku dzieci z Kazachstanu, które przebywały na koloniach letnich w Gdańsku otrzymały odzież, katechizmy, obuwie sportowe, materiały szkolne i mundurki harcerskie zakupione przez członków Oddziału, 4 tony żywności i odzieży ofiarowano Polakom w Pińsku, nie zapomniano o rodakach w Kazachstanie, którym w 1996 roku przekazano obuwie.
Z okazji 78. rocznicy odzyskania niepodległości 9 członków Koła w Gdyni za szczególne zasługi dla miasta i regionu zostało odznaczonych Medalem 70-lecia miasta Gdyni. 179 osób odznaczono Odznaką Honorową Sybiraka, w tym także Matki Sybiraków. W 1997 i 1998 roku staraniem gdańskich Sybiraków wydano kalendarze o tematyce sybirackiej, rozprowadzane wśród przyjaciół i sympatyków Związku.
Wobec coraz częstszych pogrzebów sybirackich członkowie koła Gdańsk- Śródmieście wyszli z inicjatywą urządzenia na Cmentarzu Łostowickim kwatery cmentarnej i wzniesienia wspólnego pomnika jako znaku pamięci o zmarłych i pochowanych na Wschodzie. Intencją organizatorów było, aby projektantem pomnika był artysta młodego pokolenia. W wyniku konkursu ogłoszonego wśród studentów Akademii Sztuk Pięknych w Gdańsku wyłoniono projekt Pawła Kruszyńskiego. Pomnik przedstawia postać klęczącej Madonny tulącej bezbronne dzieci – Sybiracką Piętę, pomnik wystawiony wszystkim ofiarom komunizmu.
Odsłonięcie i poświęcenie pomnika przez metropolitę gdańskiego arcybiskupa księdza Tadeusza Gocłowskiego odbyło się w dniu 11 listopada 1998 roku przy udziale przedstawicieli władz państwowych, parlamentarzystów, rektorów wyższych uczelni Wybrzeża, duchowieństwa Sybiraków, członków Rodziny Katyńskiej, mieszkańców Trójmiasta. Pomnik wykonany w brązie przez odlewnię w Gliwicach jest pięknym dziełem sztuki i wspaniałym darem ludzi wielkiego serca, fundatorów i darczyńców, którymi są: Leszek Lackorzyński – senator RP, Ryszard Krauze – konsul honorowy Austrii, władze miasta, NSZZ „Solidarność” Zarządu Portu, „Centrostal”, „Port-Serwis”, sybiracy Trójmiasta oraz młodzież harcerska i licealna rozprowadzająca „cegiełki” w postaci kartek pocztowych z wizerunkiem projektu pomnika i kalendarzy z tekstem Hymnu Sybiraków.
Oddział Związku Sybiraków, a zwłaszcza prezes Stefan Angielski od kilku lat prowadzi działania na rzecz Polaków w Kazachstanie w przekonaniu, iż najlepszą formą pomocy jest inwestowanie w młode umysły, w wykształcenie. Sprowadził więc do Gdańska grupę młodzieży, która studiuje na różnych kierunkach studiów, otoczył opieką, zorganizował pomoc stypendialną, w której uczestniczą wszystkie koła terenowe. Pierwszą osobą . sprowadzoną z Kazachstanu była Elena Asafowa , której zapewniono naukę w szkole Techników Medycznych w Gdańsku. Ukończyła ją bez problemu. Następnie byli: Olga Goławska, Helena Ostrowska, Aleksander Mościcki, Michał Szyszkowski, Włodzimierz Zaklicki, Marina Morskaja, Jura Konarski, Julia Boczkowska, Maksym Wasilewski, Tatiana Mogilnaja, Ewelina Tudos, Julia Kulczycka, Dima Adamonis, Antoni Urbanowicz, Aleksander Iwaszkiewicz, Maria Żelazko, Aleksander Wenglowski, Anna Kirdzik, Andrzej Audzeynko, Jerzy Michajłowski, Igor Michajłowski , Ludmiła Dyczko, Roman Dobrowolski, Dmytro Culavka, Aleksander Teleżyński , Irena Iwaszkiewicz. Wszyscy oni ukończyli studia na różnych kierunkach , korzystając z pomocy stypendialnej Sybiraków oraz ludzi odczuwających potrzebę pomocy Polakom na Wschodzie. Efektem działalności Sybiraków Oddziału Gdańskiego jest dwuczęściowa książka „Przez Sybir na Ziemię Gdańska”. Jest to praca zbiorowa pod redakcją Celiny Riedl. Zawiera obszerny materiał dla historyków : ponad 105 opisów wspomnień zesłańców z różnych miejsc i okresów masowych deportacji . Gdański Oddział Związku Sybiraków wydał album pod redakcją Celiny Riedl „Ofiarom Golgoty Wschodu”. Dochód ze sprzedaży książek , został całkowicie przeznaczony na pomoc stypendialną studentom-potomkom polskich zesłańców na Wschodzie.